Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Bitung dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 214/KMK.01/2005 tanggal 2 Mei 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil Ditjen Perbendaharaan dan. Sesuai Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor Kep-90/PB/2006 tanggal 29 Maret 2006, operasional KPPN Bitung dimulai awal bulan April 2006. Pada awal berdirinya KPPN Bitung beroperasi di Jl. Wolter Monginsidi No. 38 Bitung dengan menempati gedung pinjaman dari KPU Kota Bitung. Pada awal tahuni 2008 operasional KPPN Bitung pindah ke gedung baru di Jalan Stadion Dua Sudara, Bitung.

KPPN Bitung didirikanbertujuan untuk mendekatkan lokasi memberikan pelayanan kepada stakeholders  yang berada di wilayah Kota Bitung, Kab. Minahasa Utara, dan Kab. Kepulauan Talaud, sesuai dengan tugas dan fungsinya. Pada tanggal 2 Oktober 2012, KPPN Bitung ditetapkan sebagai KPPN Percontohan berdasarkan Keputusan Dirjen Perbendaharaan No. KEP-163/PB/2012.
Wilayah kerja KPPN Bitung meliputi Kota Bitung, Kab. Minahasa Utara, dan Kab. Kepulauan Talaud. Sebelum berdiri KPPN Bitung, wilayah Kota Bitung dan Kabupaten Minahasa Utara masuk dalam wilayah pembayaran KPPN Manado, sedangkan Kab. Kepulauan Talaud masuk ke wilayah pembayaran KPPN Tahuna.

Dalam rangka mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), pimpinan Direktorat Jenderal Perbendaharaan bertekad untuk membentuk suatu kantor pelayanan yang dapat memberikan layanan yang cepat, tepat, akurat, transparan,  dan tanpa biaya. Berdasarkan hal tersebut, KPPN Bitung menjalankan perubahan terus menerus guna meningkatkan kepuasan publik atas layanan perbendaharaan yang diberikan, dengan cara meningkatkan kapasitas SDM, meningkatkan kualitas sarana dan prasarana, serta memberikan bimbingan perbendaharaan kepada satuan kerja dan pemangku kepentingan, dan mulai tahun 2012, KPPN Bitung  telah menjalankan Standard Operating Prosedures  (SOP) KPPN Percontohan.